Gmach dawnego kościoła garnizonowego przy ul. Piłsudskiego zniknął z krajobrazu miasta na początku lat 90. XX wieku. Zastąpiła go budowla większa i nowocześniejsza. Tylko nieliczne zdjęcia przypominają nam wygląd dawnej świątyni.
Jej budowę rozpoczęto w 1945 r. jako wotum dziękczynne z okazji zakończenia II wojny światowej. Wzniesiono ją z inicjatywy biskupa starokatolickiego ks. Władysława Farona, którego działania popierały władze gminy z wójtem Krogulskim na czele. Ks. Faron (1891-1965) w 1924 r. przeszedł z kościoła rzymskokatolickiego do kościoła starokatolickiego. Jeszcze na początku lat 30. otrzymał w Utrechcie sakrę biskupią. W 1947 r. powrócił do kościoła rzymskokatolickiego i pracował w diecezji gorzowskiej. Posługę w Legionowe rozpoczął już w kwietniu 1945 r., kiedy Gminna Rada Narodowa w Legionowie przekazała starokatolikom połowę parceli nr 176 należącej do gminy (u zbiegu ówczesnych ulic Piłsudskiego i Kopernika). Jednocześnie gmina rozpoczęła budowę kościoła, wykorzystując do tego cegłę z byłej huty szkła.
Wobec niechętnego przyjęcia starokatolików przez legionowskie społeczeństwo, rada gminy uchwałą 124 z 10 listopada 1947 r. przekazała teren wraz z murami świątyni kościołowi katolickiemu. W uchwale czytamy: „Gminna Rada Narodowa po wysłuchaniu referatu kapelana 1-ej Dywizji Warszawskiej gar. Legionowo, oraz po wyczerpującej dyskusji zważywszy że: kościół starokatolicki w Legionowie od kilku miesięcy jest nie czynny, znajduje się bez żadnej opieki i w wielkim zaniedbaniu. Kościół ten od samego początku istnienia z przyczyn bliżej nieznanych nie zjednał sobie dostatecznej ilości wiernych. Przy budowie tego kościoła prywatnego finansowania nie było – jednogłośnie uchwala przekazać ten kościół pod administrację i zarząd Wojsku Polskiemu na ręce Generalnego Dziekana wyz. rzymsko-kat. dla użytku garnizonu legionowskiego z dniem dzisiejszym”.
Staraniem ks. mjr. Jana Mrugacza, ówczesnego kapelana 1. Warszawskiej Dywizji Piechoty, której sztab stacjonował w Legionowie, oraz z pomocą wielu legionowskich rodzin gmach kościoła garnizonowego został poświęcony 23 listopada 1947 r. przez Generalnego Dziekana WP ks. płk. Stanisława Warchałowskiego. Prace budowlane trwały nadal. W 1948 r. został wzniesiony ołtarz, chór, ułożono posadzkę w prezbiterium, wstawiono szyby oraz otynkowano wnętrze kościoła. W 1949 r. Kazimierz Ponto – członek Komitetu Kościelnego doprowadził elektryczność do świątyni oraz zawiesił dzwon. K. Ponto prowadził wówczas Koncesjonowane Przedsiębiorstwo Instalacji Elektrycznych i sklep przy ul. Piłsudskiego 13. W późniejszym czasie kościół otynkowano, a na jego elewacji została umieszczona granitowa tablica upamiętniająca rozstrzelanie przez hitlerowców 48 mieszkańców Legionowa. Od tego czasu przez dziesięciolecia kościół garnizonowy pod wezwaniem św. Józefa Oblubieńca Najświętszej Marii Panny był jedną z dwóch świątyń w Legionowie (obok kościoła „na górce”).
Kościół był skromny, ale doskonale wkomponowany w krajobraz miasta. Wielu dawnych mieszkańców wspomina jego niezwykłą atmosferę, płynącą nie tylko z tradycyjnego wystroju, ale także z kazań ks. Jana. Na początku lat 80. do świątyni dobudowano zakrystię, salkę katechetyczną i mieszkanie księdza proboszcza. W 1983 r. ks. J. Mrugacz udał się na zasłużoną emeryturę. W posłudze duszpasterskiej zastąpił Go ks. płk Leszek Kołoniecki, który doprowadził do utworzenia parafii cywilno-wojskowej.
